ストーリーはアニメ「少年激覇ダン」の続編となっている。 ２７世紀、地球は異界魔族と呼ばれる種族の侵略を受けていた。未来の地球を救うべく、最強のカードバトラー馬神弾の壮絶な戦いが始まる。